Højen Kirkegård blev anlagt samtidig med Skagen Kirkegård i 1809. Jorden blev skænket af strandingskommisionær og købmand Niels Peter Christensen som ligger begravet på Højen Kirkegård. Kirkegården blev iflg. C. Klitgård (Skagens Bys historie p.232) taget i brug den 17. november 1810, og det første lig, der blev begravet her, var en fjende, den svenske bådfører Niels Larsen fra Skærhamn, som druknede ved et forlis her. Kirkegården bliver stadig benyttet af folk hovedsagelig med tilknytning til Højen. Kirkeklokken benyttes kun ved begravelse. Tidligere foregik begravelser på Højen Kirkegård fra daværende Missionshus indtil ca. 1972, derefter fra Skagen Kirke eller Kirkegårdskapel.